Hellper t'a déjà proposé l'idée mais je vais en rajouter une couche (humour, humour !).
Sur RMXP tu as trois couches, tu as dû le remarquer.
Essaye de remplir toute une couche avec l'outil en forme de pot de peinture et un élément de tileset bien reconnaissable (un massif de fleurs, une chaise, un bout de rue pavée, ...).
Comme ça tu verras tous les "trous" où il pourrait y avoir des zones de passabilité comme dit Hellper ^^
Ensuite tu re-remplis toute cette couche en "vide" (la première case tout en-haut de ton tileset).
Ca devrait te permettre de nettoyer toute la couche (en ne gardant que ce que tu veux garder et pouvoir virer tout ce que tu détectes de "trop").
Tu fais cette manip' pour les deux couches supérieures et dis-nous si ç'a résolu ton problème 
Ca m'est arrivé une fois ça, un labyrinthe qu'on pouvait traverser en ligne droite à cause d'une couche supérieure traversable.
Parce que ton tileset me parait correct, donc le souci doit venir d'un bout en trop sur une des couches sup'.
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